Je to limnofilní a litorální druh, který vyhledává členité prostředí s úkryty, vyhýbá se bahnitému substrátu.
Tento druh je původní v oblasti Černého, Kaspického a Azovského moře.
První jedinci hlaváče černoústého byli v ČR uloveni teprve v roce 2008 v řece Moravě.
S balastní vodou v lodích se v roce 2015 dostal do dolního Labe, kde se neskutečně rychle přemnožil.
Hlaváč černoústý se stal už trvalou součástí naší ichtyofauny, v tocích Moravy, Dyje a Labe se přirozeně rozmnožuje a jeho početnost se výrazně zvyšuje.
Lze očekávat, že bude potlačovat původní rybí druhy, které vyhledávají obdobné prostředí (vranka obecná, hrouzek běloploutvý, mřenka mramorovaná, mník jednovousý, ježdík dunajský, hořavka duhová, hlavačka mramorovaná).
Na území ČR lze v dohledné době očekávat proniknutí dalších tří druhů hlaváčů povodním Dunaje z území Slovenska.
