Objevuje se v místech se silně zarostlou vegetací, zdržuje se i mezi kořeny a kameny.
První nález v ČR byl zaznamenán v roce 1994 v horní (Mušovské) nádrži vodního díla Nové Mlýny na jižní Moravě.
Opakovaný průzkum v dalších letech potvrdil trvalý výskyt hlavačky na této lokalitě.
Během následujících dvou let se tato rybka rozšířila po celé horní nádrži a pronikla i výše proti proudu do střední Věstonické nádrže.
V následujících letech pokračovalo její šíření dále do dolní Novomlýnské nádrže a pak směrem po proudu Dyje.
Dnes se hlavačka vyskytuje v celé Dyji od soutoku s Jevišovkou až po ústí Moravy a v tomto úseku začíná osídlovat i některé přítoky (Jihlava, Svratka, Kyjovka).
Původ populací hlavačky na našem území je nejasný a mohl by být nejen příkladem přirozeného proniknutí druhu, ale v úvahu připadá i zavlečení sportovními rybáři, kteří ji používají jako nástražní rybku.