Jde o netažný sladkovodní druh jesetera.
Zdržuje se v korytě řeky, v jámách při pobřeží u strmých břehů nad hlubokou vodou.
Kalným vodám se vyhýbá. V době zvýšeného stavu vody, kdy se zakalení zvětšuje, se stahuje i do bočních průtočných říčních ramen.
V našich vodách je jeho současný výskyt především výsledkem vysazování.
V zarybňovacích plánech revírů není, ale v posledních letech je v povodí Moravy vysazován ve spolupráci podniku Povodí Moravy, vídeňské univerzity a MRS v rámci záchranného projektu.
V povodí Moravy a Dyje žijí i jedinci pocházející z původních populací (jeseter malý je endemitem dunajského povodí, na Slovensku je do Dunaje vysazován již řadu let).
Vysazuje se do soukromých vodních nádrží v rámci rekreačního rybolovu podobně jako větší jeseter sibiřský.