Objevuje se v proudnějších úsecích větších i menších řek.
Preferuje štěrkovité a kamenité dno.
Vzácně se vyskytuje v dolním toku Moravy a Dyje.
Historických nálezů není mnoho.
Drsek menší se v toku Dyje objevuje stabilně po říční km 26,7 a v toku Moravy po říční km 74,1.