Objevuje se v dolním toku Moravy a Dyje, byl uloven i v některých nádržích (Novomlýnská, Věstonická, Mušovská).
Existují také sporadické nálezy cejna siného z české části Labe,
dolní Vltavy a Ohře. Zatím poslední nález byl zaznamenán u Střekova
v roce 2003.
Protože se hojněji objevuje v Německu, lze původ jedinců v českých
řekách vysvětlit migrací z německého úseku Labe. V Moravě a Dyji jde o
migraci z Dunaje.
Cejn siný je hejnový druh, na podzim se shlukující do velkých skupin, které zaléhají na zimování do jam v proudnici řeky.
Mlíčáci vedou pohyblivější způsob života.
Živí se hlavně zooplanktonem, příležitostně také larvami hmyzu,
měkkýši i řasami. Většinou autorů je považován za typického
planktonofága
Pohlavně dospívá ve 3. a 4. roce života, na některých lokalitách i později.
Tře se od dubna do května v málo proudící nebo stojaté vodě
v inundačním pásmu na odumřelé rostlinstvo, zatopené kmeny, keře nebo i
zaplavený mech.
Tření může probíhat při teplotě vody 11–15 °C.
Bylo zaznamenáno křížení cejna siného s cejnkem malým.
Cejn siný může být na lokalitách svého výskytu náhodně uloven při lovu různých kaprovitých ryb na plavanou nebo položenou.
Vzhledem k tomu, že běžně loví plankton, může zabírat i na nástrahy pohybující se ve vodním sloupci.
Nejčastěji zabere při lovu cejnů, cejnků a plotic.