Mřenka je rozšířená po celém našem území tam, kde nachází vhodná stanoviště.
Vyskytuje se především v potocích a říčkách pstruhového a parmového pásma, ale i v nížinných tocích a ve vysočinných rybnících.
Objevuje se v místech s kamenitým nebo písčitokamenitým dnem, kde je nízký vodní sloupec (2–10 cm).
Nechybí ani v přítokových a odtokových stokách rybníků.
Ve stojatých vodách se udrží jen tehdy, pokud se voda příliš neprohřívá.
Snáší poměrně silné organické znečištění vody.