Je to reofilní druh, který obývá velké řeky a jejich průtočná ramena.
V Dunaji jej často nacházíme mezi kameny hrází omývanými říčním proudem.
Těžištěm jeho rozšíření je Dunaj od delty až po Bavorsko, žije ale i v povodí Dněpru na Ukrajině a v Bělorusku.
Kromě hlavního toku Dunaje osídlil ježdík dunajský i některé přítoky, včetně řeky Moravy.
Proti proudu Moravy pronikl až do Dyje a jejího přítoku Kyjovky.
Od roku 1997 se ježdík dunajský v dolním toku Dyje a Moravy objevuje pravidelně.
V květnu 1998 bylo v toku Kyjovky zastiženo třecí hejno tohoto druhu.
Až do 70. let minulého století jsme v tehdejším Československu rozlišovali pouze ježdíka obecného a jeho štíhlejšího příbuzného ježdíka žlutého. Velkým překvapením pak byl objev nového druhu ježdíka v povodí Dunaje. Nově popsaný druh (Gymnocephalus baloni) pojmenovali v roce 1974 bratislavští ichtyologové Juraj Holčík a Karol Hensel na počest dalšího československého ichtyologa, Eugena Balona.