Hlavatka je původní druh dunajského povodí.
U nás byla a je uměle vysazována jak v Čechách, tak na Moravě.
Jde o druh, který není schopen se v našich vodách udržet bez neustálého vysazování uměle odchovaných násad.
Dává přednost podhorské zóně řek s kamenitým a štěrkopískovým dnem, s průměrnou letní teplotou vody obvykle nepřevyšující 15 °C, nesnáší nižší obsah rozpuštěného kyslíku než 5 mg/l.
Preferuje úseky, ve kterých se střídají hlubší tůně s rychlými kaskádovitými proudy.
Obvykle hlavatku nalezneme pod rychlými proudy, přepady, splavy a vodopády, často zastíněnými převislými stromy, v tišinách v místech se skalními výběžky břehů a bočními výhony s víry, za velikými balvany, pilíři mostů a jinými překážkami v toku.
Za vyššího stavu vody nebo za jejího zakalení se zdržuje blízko břehů.
V létě vyhledává hlubší tůně, případně táhne do chladnějších přítoků.
Hlavatka může osídlit i vhodné stojaté vody – podhorská jezera, údolní nádrže s chladnou vodou.